มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ จะมีอิสระ และความคล่องตัวในการบริหารจัดการทั้งเรื่องการจัดการทางการเงิน การงบประมาณ และการบริหารงานบุคคล
มีกฎระเบียบที่กำหนดโดยสถาบัน เพื่อใช้บริหารจัดการภายใน ในขณะที่ มหาวิทยาลัยในสังกัดของรัฐ ยังมีสภาพเป็นส่วนราชการ บริหารจัดการสถาบันโดยอ้างอิงกฎ
ระเบียบของทางราชการ นอกจากนี้ความเหมือนและความต่างของสถาบันอุดมศึกษาในกำกับและในสังกัดของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา
ซึ่งมีสถานภาพเป็นนิติบุคคลเหมือนกัน